中心理事会秘书处设在国家发展改革委政策研究室，负责组织落实理事会重要决策，统筹调度中心运作情况，组织编制中心发展中长期规划和年度工作实施方案，制定习近平经济思想重大课题研究计划，协调组织学习研究、宣传推广、教育培训等活动。