国家蛋白质科学中心设施是国家发展改革委“十一五”时期布局建设的国家重大科技基础设施，包括北京部分和上海部分。

　　国家蛋白质科学中心（北京）设施以冷冻电子显微学系统为核心，配置单电子计数探测器可将蛋白结构解析到近原子分辨率级别，为从事蛋白质结构研究的科研人员提供蛋白晶体筛选制备、衍射数据收集、蛋白质结构解析等方面的强大技术支持，产出诸多具有国际影响力的工作，在世界顶尖学术期刊《自然》《科学》和《细胞》上以通讯作者的身份发表高水平研究论文50余篇，为产出世界级成果提供了核心支撑。

　　国家蛋白质科学中心（上海）设施是全球首个生命科学领域综合性大设施，也是我国蛋白质科学和技术的重要创新基地。设施拥有国际一流的蛋白质科学研究平台，为国内外科研用户在分子水平、细胞水平和个体水平上研究蛋白质、蛋白质复合体、蛋白质机器的结构与功能，提供全面的技术与条件保障，形成了国际一流的蛋白质科学研究体系和重要创新基地。