2005年1月，国务院批准了《青海三江源自然保护区生态保护和建设总体规划》，建设期为2004-2010年。规划以建设好三江源自然保护区为目标，通过实施退牧还草、退耕还林，实行禁牧、减畜，加大对现有林地、草地植被的保护力度，采取围栏封育和人工辅助等措施，加快植被恢复步伐，加强湿地的保护和恢复，实行生态移民，减轻对三江源地区的生态压力，实现保护和恢复功能，促进该地区人与自然和谐和可持续发展，农牧民达到小康生活的目标。工程主要任务：退牧还草9658万亩，退耕还林还草9.8万亩，封山育林、沙漠化土地防治、湿地保护、黑土滩治理1200万亩，鼠害治理3138万亩，水土流失治理面积500平方公里，生态移民55773人，以及相应的配套保护设施建设等。

工程建设范围涉及青海三江源地区玉树、果洛、海南、黄南四个藏族自治州的16县和格尔木市的唐古拉乡，总面积15.23万平方公里。