近年来，白洋淀下更大力气解决“内源污染”，打通壕沟纵横和养殖鱼塘造成的水体阻隔，增强局部水动力，提高自净能力与生态修复。从科学生态清淤、入淀河口湿地治理，再到着力打造“百淀联通”工程，白洋淀生态环境治理取得明显成效，湖心区水质持续改善，生物多样性保护工作取得一定成效。截至目前，白洋淀湿地自然保护区内分布有鸟类达220种，较之前新增鸟类14种，属于国家一级重点保护鸟类有8种，属于国家二级重点保护鸟类有40种。白洋淀湿地生物多样性资源十分丰富，既是华北地区天然的博物馆，又是鲜活的动植物物种基因库。白洋淀内水面开阔，饵料丰富，水生植物群落面积大，分布广，是鸟类的繁殖地。其中，湿地代表植物芦苇生长面积约13.5万亩；野生鱼类资源有17科54种；哺乳动物14种，其中国家保护动物5种；浮游植物406种，浮游动物41种，底栖生物38种。